McIntosh C49 оснащен фирменным цифровым аудиомодулем DA1, который может быть опционально заменен более новыми цифровыми аудиомодулями McIntosh, поддерживающими новые цифровые технологии, например DA2. Это позволит C49 сохранять свою актуальность в свете появления новых музыкальных форматов и быть жизнеспособным в будущем.McIntosh C49 поставляется с множеством входов. Для аналога он имеет 2 сбалансированных (XLR), 3 несбалансированных (RCA), входы фонокорректора для ММ и МС звукоснимателей. С цифровой стороны имеются 6 входов, размещенных в модуле DA1: 2 коаксиальных, 2 оптических, 1 USB и 1 фирменный MCT (для использования с фирменным транспортом MCT SACD / CD Transports). DA1 питается от 8-канального 32-разрядного цифро-аналогового преобразователя (ЦАП), который используется в режиме Quad Balanced; он поддерживает до DSD256 и DXD 384 кГц для воспроизведения звука высокого разрешения. В общей сложности C49 имеет 13 входов, каждому из которых можно дать понятные имена для упрощения настройки и управления системой.